Σε ό,τι αφορά την επιβολή καταστατικών ποινών, διακρίνονται δύο περιπτώσεις: Την απόφαση επιβολής της καταστατικής ποινής της πρόσκαιρης παύσης, χωρίς απόφαση Πειθαρχικού Συμβουλίου (για Αξιωματικούς και Ανθυπασπιστές) και τη γνωμοδότηση του Πρωτοβαθμίου Πειθαρχικού Συμβουλίου για την επιβολή ή μη καταστατικής ποινής (πλην αυτής της πρόσκαιρης παύσης) για Αξιωματικούς και Υπαξιωματικούς. Η ιδιομορφία της ποινής της πρόσκαιρης παύσης έχει ως συνέπεια να μην προβλέπεται γι΄αυτήν ενδικοφανής διαδικασία, αφού η διαδικασία της υποβολής παραπόνων σύμφωνα με τους Κανονισμούς Πειθαρχίας και το άρθρο 40 παρ.10 του ν. 3883/10, αφορά μόνο την επιβολή συνήθων ποινών, ενώ στις λοιπές καταστατικές ποινές, η ενδικοφανής διαδικασία του άρθρου 51 του ιδίου νόμου, προϋποθέτει την ύπαρξη γνωμοδότησης του Πρωτοβαθμίου Πειθαρχικού Συμβουλίου, κατά της οποίας στρέφεται. Επομένως, στη περίπτωση της πρόσκαιρης παύσης, δεν προβλέπεται ούτε ενδικοφανής , αλλά ούτε και ειδική προσφυγή , με αποτέλεσμα να εφαρμόζονται οι γενικές διατάξεις του Κώδικα Διοικητικής Διαδικασίας (ν. 2690/1999) κατά το άρθρο 24 του οποίου, εάν δεν προβλέπεται ενδικοφανής ή ειδική αγωγή, ο ενδιαφερόμενος μπορεί με αίτησή του προς την αρχή που εξέδωσε την πράξη, να ζητήσει την ανάκληση ή την τροποποίησή της (αίτηση θεραπείας). Η πράξη που εκδίδει το ίδιο το όργανο που επέβαλε τη ποινή της πρόσκαιρης παύσης, με την οποία εμμένει στην αρχική του πράξη , δεν αποτελεί εκτελεστή πράξη, γιατί εκδίδεται χωρίς νέα ουσιαστική έρευνα της υπόθεσης.
Παρατηρείται όμως ότι σύμφωνα με την ειδική διάταξη του άρθρου 33 παρ.1 «ποινή προσκαίρου παύσεως άπαξ επιβληθείσα δεν δύναται, κατ΄ουδένα τρόπο να αρθεί ή να μετατραπεί» και συνεπώς το όργανο που την επέβαλε δεν μπορεί να την επανεξετάσει, παρά μόνο σε συμμόρφωση με ακυρωτική απόφαση διοικητικού δικαστηρίου, στο οποίο μπορεί να προσφύγει ο τιμωρημένος απευθείας , χωρίς να απαιτείται τήρηση ενδικοφανούς διαδικασίας.
Για τις επιβαλλόμενες όμως με γνωμοδότηση Πειθαρχικού Συμβουλίου καταστατικές ποινές, κατά τα προβλεπόμενα στο άρθρο 51 του ν.3883/10, οργανώνεται σύστημα ενδικοφανούς προσφυγής που στρέφεται κατά της γνωμοδοτήσεως του Πρωτοβαθμίου Συμβουλίου. Αυτοτελές δικαίωμα ασκήσεως της προσφυγής εντός προθεσμίας 10 ημερών από την κοινοποίηση της γνωμοδοτήσεως, έχουν ο εγκαλούμενος και ο ασκών την πειθαρχική δίωξη. Ο μεν πρώτος την υποβάλει ιεραρχικά, ο δε δεύτερος απευθείας στον Πρόεδρο του Πειθαρχικού Συμβουλίου και η άσκησή της, σε αντίθεση με την ενδικοφανή διαδικασία των συνήθων ποινών, έχει ανασταλτικό αποτέλεσμα μέχρι την έκδοση αποφάσεως επ΄αυτής. Η άπρακτη πάροδος της παραπάνω προθεσμίας, έχει ως αποτέλεσμα να καταστεί η απόφαση εκτελεστή και ανέκκλητη ενώπιον της Διοίκησης, ενώ οδηγεί παράλληλα στην απώλεια του δικαιώματος δικαστικής προστασίας.
Σε περίπτωση ασκήσεως της ενδικοφανούς προσφυγής, είτε από τον εγκαλούμενο, είτε από τον ασκούντα τη πειθαρχική δίωξη, η υπόθεση παραπέμπεται στο Δευτεροβάθμιο Πειθαρχικό Συμβούλιο, το οποίο επανεξετάζει την υπόθεση στην ουσία, ακολουθώντας την ίδια διαδικασία με το Πρωτοβάθμιο. Λόγω του ενδικοφανούς χαρακτήρα της προσφυγής στο Δευτεροβάθμιο Συμβούλιο, σε περίπτωση που αυτή ασκηθεί , η απόφαση του Πρωτοβαθμίου χάνει την αυτοτέλεια και τον εκτελεστό της χαρακτήρα και η υπόθεση μεταβιβάζεται στο Δευτεροβάθμιο, σύμφωνα με τα γενικώς ισχύοντα για τις ενδικοφανείς προσφυγές στο άρθρο 25 παρ.2 του Κώδικα Διοικ.Δ/σίας, με αποτέλεσμα να προσβάλλεται παραδεκτώς μόνο η γνωμοδότηση του Δευτεροβαθμίου Συμβουλίου ενώπιον του διοικητικού δικαστηρίου.
Ο θεσμός της επαναλήψεως της διαδικασίας, με τη μορφή του εκτάκτου ενδίκου βοηθήματος, δεν περιλαμβανόταν στο σύστημα πειθαρχικού δικαίου των Ενόπλων Δυνάμεων, με τη μορφή που συγκροτείται στον Υ.Κ. (άρθρ.143 επ.), δεδομένου του αξιώματος της αυτοτέλειας της ποινικής και πειθαρχικής διαδικασίας. Η νομολογιακή επεξεργασία του τεκμηρίου αθωότητας, διαμόρφωσε πάγια νομολογία των διοικητικών δικαστηρίων, κατά την οποία, σε περίπτωση επιβολής συνήθους ποινής, αν ο πειθαρχικώς τιμωρηθείς στρατιωτικός, υποβάλει αίτηση για άρση ή μείωση της πειθαρχικής ποινής, προσκομίζοντας μεταγενέστερη αθωωτική ποινική απόφαση για τις πράξεις επί των οποίων στηρίχθηκε η εν λόγω πειθαρχική ποινή, η Διοίκηση υποχρεούται να την εξετάσει και είτε να την άρει , είτε να εμμείνει στην επιβληθείσα πειθαρχική ποινή, αλλά αιτιολογώντας την αποκλίνουσα από την αθωωτική ποινική απόφαση, κρίση της.
Η θέση αυτή της νομολογίας, απετέλεσε το έναυσμα για τη νομοθετική πρόβλεψη της «αιτήσεως επαναλήψεως» , με τη προσθήκη στον ΣΚ 20-1 της παραγράφου 3Α στο άρθρο 65 (με τη διάταξη του άρθρου 15 του ΠΔ 334/02), κατά την οποία είναι δυνατόν κατόπιν επαναλήψεως της διαδικασίας, να ακυρωθεί επιβληθείσα πειθαρχική ποινή, αν εκδόθηκε αμετάκλητη απόφαση καταδικαστική ή αθωωτική ή αμετάκλητο απαλλακτικό βούλευμα. Ιδίου περιεχομένου διάταξη, που δεν υφίστατο υπό το καθεστώς του προηγουμένου Κανονισμού, περιελήφθη και στο 23 παρ.6 του Καν.Πειθ. ΠΑ, που ρυθμίζει λεπτομερέστερα τη διαδικασία επαναλήψεως της διαδικασίας, κατόπιν εκδόσεως αμετάκλητης απόφασης ποινικού δικαστηρίου. Συγκεκριμένα προβλέπεται ότι μπορεί ο ενδιαφερόμενος με αίτησή του να ζητήσει την επανάληψη εντός διμήνου από τότε που η ποινική απόφαση κατέστη αμετάκλητη, η συνολική δε διαδικασία πρέπει να ολοκληρωθεί εντός διμήνου από την αίτηση. Η διαδικασία, σύμφωνα με τον ΚανΠειθΠΑ, μπορεί να γίνει επίσης αυτεπαγγέλτως από την Υπηρεσία, όχι μόνο για απαλλακτική αλλά και για καταδικαστική απόφαση, οπότε ολοκληρώνεται εντός διμήνου από την ημέρα που κοινοποιήθηκε σε αυτήν η ποινική απόφαση.
Η αποσπασματική αυτή ρύθμιση του θεσμού της επαναλήψεως της πειθαρχικής διαδικασίας στους Κανονισμούς του ΣΞ και της ΠΑ, δεν επεκτείνεται και στις καταστατικές ποινές. Σε περίπτωση που εκδοθεί αμετάκλητη απόφαση ποινικού δικαστηρίου μετά την ολοκλήρωση της πειθαρχικής διαδικασίας επιβολής της καταστατικής ποινής , η μόνη διέξοδος για την επανάληψη της διαδικασίας είναι η συμμόρφωση της Διοίκησης με ακυρωτική απόφαση του Διοικητικού Δικαστηρίου, στη περίπτωση βεβαίως που ο τιμωρηθείς άσκησε αίτηση ακυρώσεως κατά της γνωμοδοτήσεως του Δευτεροβαθμίου Πειθαρχικού Συμβουλίου ή της αποφάσεως επιβολής της καταστατικής ποινής της πρόσκαιρης παύσης. Κατ’ ουσίαν, η νομολογία διαμόρφωσε διαδικασία επαναλήψεως μέσω της ακυρώσεως της αποφάσεως του Δευτεροβαθμίου Πειθαρχικού Συμβουλίου που εκδόθηκε πριν την απαλλακτική ποινική απόφαση, για πλημμέλεια της αιτιολογίας.
