Οι αποφάσεις των πρωτοβαθμίων πειθαρχικών συμβουλίων προσβάλλονται με ενδικοφανή προσφυγή, η οποία εκδικάζεται ενώπιον των δευτεροβάθμιων πειθαρχικών συμβουλίων. Περαιτέρω, οι αποφάσεις δευτεροβάθμιων πειθαρχικών συμβουλίων σε βάρος στρατιωτικών, υπόκεινται κατ’ αρχήν σε αίτηση ακυρώσεως που ασκείται ενώπιον των τακτικών διοικητικών δικαστηρίων, σύμφωνα με τη γενική διάταξη του άρθρου 95 παρ. 1 α΄του Συντάγματος. Σύμφωνα με την ειδική διάταξη του άρθρου 1 παρ. 1 περ. α΄ ν. 702/1977, στην αρμοδιότητα του τριμελούς διοικητικού εφετείου υπάγονται οι αιτήσεις ακυρώσεως κατά αποφάσεων δευτεροβάθμιων πειθαρχικών συμβουλίων που εκδίδονται κατ’ εφαρμογήν του πειθαρχικού δικαίου των στρατιωτικών. Όπως έχει κριθεί από τη νομολογία, η αίτηση ακυρώσεως του άρθρου 95 παρ. 1 περ. α΄του Συντάγματος και του άρθρου 1 παρ. 1 περ. α΄του ν. 702/1977 ενώπιον του Διοικητικού Εφετείου κατά των αποφάσεων των δευτεροβαθμίων πειθαρχικών συμβουλίων για επιβολή ποινής σε στρατιωτικούς πληροί τις απαιτήσεις πλήρους δικαστικής προστασίας του άρθρου 20 παρ. 1 του Συντάγματος, καθώς με το ένδικο βοήθημα της αιτήσεως ακυρώσεως παρέχεται από το Σύνταγμα και το Νόμο στα Διοικητικά Εφετεία εξουσία ελέγχου της νομιμότητας των αποφάσεων των δευτεροβαθμίων ανακριτικών συμβουλίων, η οποία εξικνείται μέχρι του ελέγχου της πλάνης περί τα πράγματα, της υπέρβασης των άκρων ορίων της διακριτικής ευχέρειας της διοικήσεως και της κατάχρησης εξουσίας (άρθρο 48 π.δ. 18/1989). Η άσκηση επίσης της προβλεπόμενης ενδικοφανούς προσφυγής κατά των αποφάσεων των πρωτοβαθμίων πειθαρχικών συμβουλίων ενώπιον των δευτεροβαθμίων συμβουλίων εξασφαλίζει την εκ νέου έρευνα και απόφανση επί της ουσίας της υποθέσεως.
Ο ακυρωτικός δικαστής, εφαρμόζοντας το ΠΔ 18/1989, ελέγχει την κρίση του πειθαρχικού οργάνου από την άποψη της επάρκειας ή της πλημμέλειας της αιτιολογίας της, αλλά και του νομικού χαρακτηρισμού του πειθαρχικού παραπτώματος για το οποίο επιβλήθηκε η ποινή. Η επιλογή του είδους της ποινής σε σχέση με τη βαρύτητα του παραπτώματος και η επιμέτρησή της ανήκουν στη διακριτική ευχέρεια του αρμόδιου πειθαρχικού οργάνου, η οποία όμως ελέγχεται δικαστικά από την άποψη της υπερβάσεως των άκρων ορίων της. Ισχυρισμοί όμως του αιτούντος που αναφέρονται στην ουσιαστική κρίση της διοικήσεως ως προς τη συνδρομή των σχετικών πραγματικών περιστατικών είναι απορριπτέοι ως απαράδεκτοι γιατί πλήττουν την, ανέλεγκτη ακυρωτικά, ουσιαστική κρίση του πειθαρχικού οργάνου. Ανέλεγκτη, επίσης, είναι η κρίση του πειθαρχικού οργάνου όσον αφορά την επιμέτρηση της πειθαρχικής ποινής, ελέγχεται δε μόνον ως προς την υπέρβαση των άκρων ορίων της διακριτικής εξουσίας του οργάνου και παράβαση της αρχής της αναλογικότητας. Το ίδιο ισχύει και για την αναγνώριση ή μη ελαφρυντικών περιστάσεων, καθώς εναπόκειται στην ουσιαστική κρίση της Διοίκησης.
Σύμφωνα με το άρθρο 12 παρ.2 του ν. 3900/10 προστέθηκε εδάφιο στο άρθρο 58 του π.δ. 18/1989, κατά τη διάταξη του οποίου, η έφεση επιτρέπεται μόνον όταν προβάλλεται από το διάδικο με συγκεκριμένους ισχυρισμούς, που περιέχονται στο σχετικό δικόγραφο, ότι δεν υπάρχει νομολογία του Συμβουλίου της Επικρατείας ή ότι υπάρχει αντίθεση της προσβαλλόμενης αποφάσεως προς τη νομολογία του Συμβουλίου της Επικρατείας ή άλλου ανώτατου δικαστηρίου είτε προς ανέκκλητη απόφαση διοικητικού δικαστηρίου. Ως ισχυρισμοί που απαιτείται να προβληθούν με το δικόγραφο της έφεσης, επί ποινή απαραδέκτου αυτής, νοούνται εκείνοι που αναφέρονται, με τρόπο συγκεκριμένο, σε κριθέν νομικό ζήτημα, αναγόμενο στην ερμηνεία των κανόνων δικαίου που εφαρμόσθηκαν από την εκκαλούμενη απόφαση και όχι απλώς στην ορθή ή μη υπαγωγή πραγματικών περιστατικών σε εφαρμοσθέντα κανόνα δικαίου. Όλες οι αποφάσεις του τριμελούς διοικητικού εφετείου, οι οποίες εκδίδονται επί των ακυρωτικής φύσεως πειθαρχικών υποθέσεων των στρατιωτικών υπαλλήλων και δεν αφορούν σε απόταξη του στρατιωτικού, ανεξαρτήτως του βαθμού του, είναι ανέκκλητες, ως μη υποκείμενες σε έφεση ενώπιον του Συμβουλίου της Επικρατείας και αμετάκλητες, ως μη υποκείμενες σε τακτικό ή έκτακτο ένδικο μέσο ενώπιον του Ανωτάτου Διοικητικού Δικαστηρίου, σε αντίθεση με τους λοιπούς πολιτικούς υπαλλήλους του Δημοσίου των οποίων είναι εκκλητές όλες οι αποφάσεις που αφορούν τη λύση της υπηρεσιακής τους σχέσης.
