Οι τρόποι άσκησης της πειθαρχικής δίωξης στρατιωτικών προβλέπονται ενιαία στο άρθρο 40 παρ.2 του ν.3883/10. Ο πρώτος είναι η έκδοση της κλήσης σε απολογία, που αφορά σε όλες τις περιπτώσεις επιβολής συνήθους ποινής, αλλά και στις περιπτώσεις κλήσης για απολογία στο πλαίσιο ένορκης διοικητικής εξέτασης.Ο δεύτερος τρόπος είναι η πράξη παραπομπής σε Πειθαρχικό Συμβούλιο Στρατιωτικών και αφορά σε όλες τις περιπτώσεις επιβολής καταστατικής ποινής πλην της πρόσκαιρης παύσης (και της προσωρινής απόλυσης Ανθστών). Αντίστοιχα, η πειθαρχική δίωξη στρατιωτικού περατώνεται με τη θέση της υποθέσεως στο Αρχείο στη πρώτη περίπτωση και με την έκδοση ανέκκλητης ενώπιον της Διοικήσεως απαλλακτικής απόφασης πειθαρχικού συμβουλίου στρατιωτικών στη δεύτερη.
Η διενέργεια της ένορκης διοικητικής εξέτασης σκοπό έχει τη συγκέντρωση του απαιτούμενου αποδεικτικού υλικού και εναπόκειται στη διακριτική ευχέρεια του αρμόδιου για άσκηση της πειθαρχικής δίωξης οργάνου να τη διατάξει. (άρθρο 40 παρ.8). Η ΕΔΕ αποτελεί ανακριτική μέθοδο με την οποία μεταξύ άλλων διευκολύνεται η Διοίκηση και για τον εντοπισμό τυχόν παραπτωμάτων και υπευθύνων, ώστε στη συνέχεια να κινηθεί αν κρίνεται σκόπιμο, η πειθαρχική διαδικασία, με αυτή δε διασφαλίζεται και το υπηρεσιακό κύρος, αλλά και η προσωπικότητα του στρατιωτικού από αβάσιμες και αναπόδεικτες κατηγορίες. Η ΕΔΕ είναι μυστική, υπό την έννοια ότι, εάν στη συνέχεια ασκηθεί πειθαρχική δίωξη, δικαίωμα προς γνώση του φακέλου έχει μόνο ο πειθαρχικά εγκαλούμενος, εφόσον έχει ολοκληρωθεί η σχετική διαδικασία και έχει αυτός κληθεί σε απολογία. Σε περίπτωση, όμως, που κριθεί από τα αρμόδια πειθαρχικά όργανα ότι δεν πρέπει να ασκηθεί πειθαρχική δίωξη κατά του εμπλεκομένου στρατιωτικού, ο φάκελος τίθεται από τον διατάξαντα αυτήν στο αρχείο. Πρόσβαση επί των στοιχείων αυτού μπορεί να αποκτήσει οποιοσδήποτε θεμελιώνει εύλογο ενδιαφέρον, τόσο ο ελεγχόμενος όσο και ο τρίτος, υπό τις προϋποθέσεις και τους περιορισμούς που προβλέπει το άρθρο 5 του Κ.Δ.Δσίας.
Μετά το πέρας της ΕΔΕ, σε περίπτωση που προκύπτει η τέλεση πειθαρχικού παραπτώματος, για το οποίο έχει ληφθεί απολογία εγκαλουμένου στο πλαίσιό της, ο διατάξας με πειθαρχική αρμοδιότητα, είτε επιβάλει συνήθη ποινή, είτε εάν κρίνει ότι δεν επαρκεί τέτοια ποινή, υποβάλει την ΕΔΕ ιεραρχικά, διατυπώνοντας αίτημα να ακολουθηθεί η διαδικασία της επιβολής καταστατικής ποινής. Η αξιολόγηση των ενόρκων διοικητικών εξετάσεων αποτελεί μία διαδικασία που υλοποιείται σύμφωνα με την ιεραρχική δομή των στρατιωτικών υπηρεσιών, κατά την οποία εισηγούνται όλα τα ενδιάμεσα κλιμάκια διοικήσεως μέχρι τον έχοντα αρμοδιότητα πειθαρχικής δίωξης. Για την παραπομπή ενώπιον Πειθαρχικού Συμβουλίου απαιτείται πάντοτε ένορκη διοικητική εξέταση, εκτός αν στηρίζεται αυτή σε απόφαση Δικαστηρίου.